王淑安 , 汪庆 , 李素梅 , 王鹏 , 杨如同 , 李亚

江苏省中国科学院植物研究所, 南京中山植物园, 南京, 210014
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2022 年, 第 20 卷, 第 27 篇   
收稿日期: 2020年11月03日    接受日期: 2020年11月19日    发表日期: 2023年02月08日

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本研究利用简化基因组测序技术 SLAF-seq 对宝华鹅耳枥野生种群的 40 份个体进行分析，构建SLAF-seq 文库，以多态性 SLAF 标签开发特异性的单核苷酸多态性(SNP)标记，基于此 SNP 标记分析宝华鹅耳枥野生种群的遗传结构和多样性。结果显示，采用酶切方案的酶切效率为 93.49%，双端比对效率为97.40%，共获得 277.52 Mb reads 数据，测序平均 Q30 为 94.75%，平均 GC 含量为 37.99%。通过生物信息学分析，共获得个 1 124 547 个 SLAF 标签，标签的平均测序深度为 32.81 倍，其中多态性的 SLAF 标签有 222 029 个，共开发获得 1 267 011 个 SNP，并基于这些 SNP 分析了宝华鹅耳枥野生种群的群体结构和遗传多样性。结果表明，SLAF-seq 技术能高效地开发出适用于宝华鹅耳枥群体遗传分析的 SNP 标记，获得了宝华鹅耳枥现存野生种群的遗传背景，为其种群的评价和管理方案的制定提供了基础数据。

宝华鹅耳枥； SLAF-seq；SNP；遗传结构；遗传多样性